ニッポンノワール-刑事Yの反乱-

ある日、警視庁刑事の遊佐清春は森小屋で目を覚ますと横に上司だった女性刑事・碓氷薫が血を流して死んでいて、自らの右手には拳銃が握られていた。このままだと、容疑者として追われてしまうことを察した清春は、現場に残された足跡や指紋など、自分にとって不利な証拠を消して立ち去るが不思議なことにここ3か月の記憶を失っていた。生前の薫が犯人死亡で解決になったはずの「東堂銀行10億円強奪事件」の再捜査を行っており、南武修介一課長に警察関係者が関わっていると示唆していた事を知った清春は「碓氷警部殺害事件」と共に10億円強奪事件についても調べ始める。 そんな中清春は、南武から薫の遺児である碓氷克喜を、しばらく預かってほしいと頼まれる。最初は面倒だと拒んでいたが、母親を失って涙を見せる克喜に対し「母親が死んだ真相を知りたければ、俺についてこい」といって面倒を見ることになる。 やがて本城諭理事官が容疑者として浮かぶが射殺され、公安部によって両事件の犯人に仕立て上げられてしまう。その解決に納得のいかない南武と清春たち旧碓氷班は捜査一課の一部と共に独自の捜査本部を組織し、真相の究明に当たろうとする。謎が深まる中、才門要警部の恋人で薫の親友だった深水星良が関わった極秘プロジェクトや半グレ集団ベルムズが関係している地下組織が警察内部に存在し、「ニッポンノワール」と名乗っている事が判明する。すると清春はガスマスクをつけた謎の男に襲撃され、男が見せた画像を目にした途端、記憶の断片が戻ってきた。