Der Film setzt die Handlung des Spiels Final Fantasy VII fort. Er spielt auf dem fiktiven Planeten „Gaia“, der von dem Shinra-Konzern beherrscht wurde. Dieser hatte die sogenannte Mako-Energie entdeckt, die aus einem Stoff, der tief im Planetenkern entsteht, gewonnen wird. Doch das Anzapfen des Planeten hatte katastrophale Auswirkungen.

Der Film spielt zwei Jahre später in der Stadt Midgar, wo Menschen von einer unheilbaren Krankheit namens Geostigma geplagt werden. Diese wird ausgelöst, wenn der Körper sich gegen Jenova-Zellen wehrt, die sich in vielen Menschen befinden. Jenova ist ein außerirdisches Wesen, das auf den Planeten gekommen war, aber dort gefangen wurde. Nun versucht eine Gruppe silberhaariger Jugendlicher, mit Jenovas Hilfe Sephiroth wieder zu erwecken.

Die drei Jugendlichen, Loz, Yazoo und ihr Anführer Kadaj, glauben ihre „Mutter“ (Jenovas Kopf) bei Sephirots früherem Feind finden zu können. Das ist Hauptcharakter Cloud, der, von früheren Ereignissen des Kämpfens müde und von Schuldgefühlen wegen des Todes zweier Freunde geplagt, sich von seinen alten Freunden größtenteils abgeschottet hat und jetzt zusammen mit Tifa und den Waisenkindern Danzel und Marlene lebt. Die Waisenkinder sowie Cloud leiden ebenfalls an der Krankheit Geostigma, deren Ursachen ihnen nicht bekannt sind.

Nach Angriffen auf Cloud, Tifa sowie den, als tot geltenden, Präsident des Shinra-Konzerns Rufus, muss sich Kadaj etwas einfallen lassen, wie er seine „Mutter“ finden will. Dazu überredet Yazoo an Geostigma erkrankte Kinder mit ihm mitzukommen, indem er ihnen verspricht, sie von ihrem Leiden zu befreien. Auch Waisenjunge Danzel folgt ihm. Marlene wird derweil bei Tifas Kampf mit Loz entführt.

Der zögerliche Cloud macht sich nun auf, die drei Silberhaarigen zu verfolgen, um die Kinder zurückzubringen. Kadaj hat die Kinder unterdessen mit negativem Lebensstrom Jenovas infiziert, aus dem auch er zu bestehen scheint. Nach einem Kampf mit den drei Männern, in dem Cloud unterlegen ist, da die Gegner in der Überzahl sind, muss er von Vincent, einem alten Freund, gerettet werden, der ihn über Kadajs Absichten informieren kann.

Cloud macht sich auf den Weg nach Midgar, wo Yazoo und Loz ein Denkmal abreißen, weil sie glauben, dort befände sich ihre „Mutter“. Kadaj beschwört das Monster Bahamut, das das Denkmal zerstört. Tifa schafft es, Danzel aus der Gewalt der drei Silberhaarigen zu befreien. Während Yazoo und Loz gegen Reno und Rude kämpfen, treffen nach und nach alte Freunde ein um gegen Bahamut zu kämpfen. Das sind Barret, Yuffie, Cait Sith, Red XIII (Nanaki), Cid und Vincent. Cloud schafft es mit Hilfe seiner Freunde Bahamut zu besiegen.

Rufus, der dem Kampf zusammen mit Kadaj aus sicherer Distanz zugeschaut hat, offenbart Kadaj, dass er Jenovas Zellen die ganze Zeit bei sich trug. Daraufhin attackiert Kadaj Rufus wobei es ihm gelingt, den von Rufus beschädigten Behälter mit Jenovas Zellen in seinen Besitz zu bringen. Es beginnt eine Verfolgungsjagd zwischen Cloud und Kadaj, Loz und Yazoo. Mit Hilfe von Reno und Rude gelingt es Cloud schließlich, Kadaj zu stellen der sich jedoch in eine alte Kirche (der Ort an dem Cloud Aerith zum ersten mal begegnet ist) zurückzieht. Der Geist der verstorbenen Aerith lässt einen „heiligen Regen“ regnen um Cloud vor einem Angriff Kadajs zu schützen und der zugleich Cloud vom Geostigma heilt, Kadaj jedoch Schmerzen zufügt. Wiederum gelingt Kadaj die Flucht, bis er schließlich am ehemaligen Hauptquartier der Shinra Konzerns anhält. Nach einem kurzen Kampf zwischen Cloud und Kadaj besiegt Cloud Kadaj zwar, aber diesem gelingt es dennoch, sich mit den Jenovazellen zu vereinen und so zu Sephiroth zu werden. Cloud muss sich erneut seinem alten Erzrivalen stellen. Mit Hilfe seiner Erinnerungen und der Lösung seiner Schuldgefühle gelingt es ihm, Sephiroth zu besiegen. Dieser wird wieder zu Kadaj, welcher in Clouds Armen in den Lebensstrom, die Energie des Planeten, übergeht.

Der Regen heilt die an Geostigma erkrankten Menschen, Cloud wird nach schwerer Verwundung aus dem Jenseits von den verstorbenen Aerith und Zack ins Leben zurückgeschickt. Er erwacht in der Kirche, wo früher Blumen waren. Cloud kann sein Leben nun endlich akzeptieren, da er von seinen Schuldgefühlen befreit wurde.